Скажите, можно ли этот автопилот заставить работать только по данным GPS навигатора, при этом сигнал от его собственного магнитного датчика игнорировать?
Существуют системы, которые работают без компаса, но это не ваш случай. Так что ответ на ваш вопрос, нет игнорировать датчик он не может.
Я наверное чего то не понимаю, но зачем вам отключать компас? Ведь с ним гораздо проще, включил авторулевой на удержание курса, выставил сам курс и все... наслаждайся